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行業(yè)產(chǎn)品

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所在地區(qū):北京北京市

公司動(dòng)態(tài)

SIMMR模型中g(shù)eese_data的解讀

閱讀:124發(fā)布時(shí)間:2022-10-19

geese_data

數(shù)據(jù)集中的9個(gè)列表
1、mixtures
2、tracer_names
3、source_names
4、source_means
5、source_sds
6、correction_means
7、correction_sds
8、concentration_means
9、groups

研究對(duì)象是加拿大東部北極地區(qū)的一種淺腹布蘭特鵝(Branta bernicla hrota),在西歐過(guò)冬。此鵝非彼鵝,會(huì)真飛。
在這里插入圖片描述
在這里插入圖片描述

數(shù)據(jù)集中的9個(gè)列表

  • mixtures
  • tracer_names
  • source_names
  • source_means
  • source_sds
  • correction_sds
  • concentration_means
  • correction_means
  • groups

1、mixtures

維度為[251x2]的double類型數(shù)組
251行表示數(shù)組中包含251條對(duì)Brent Geese血樣的同位素測(cè)量數(shù)據(jù)。
2列分別表示d13C和d15N的同位素比率,后綴Pl指plasma即血漿。

  • 用捕鳥炮網(wǎng)捕獲Brent Geese,從脛骨尾靜脈取血液樣本,隨后通過(guò)離心將其分離為血漿和細(xì)胞。
  • 送入質(zhì)譜儀分析

 1#數(shù)組太長(zhǎng),中間部分省略
2> geese_data[["mixtures"]]
3 d13C_Pl d15N_Pl
4 [1,] -11.36 10.22
5 [2,] -11.88 10.37
6 [3,] -10.60 10.44
7 ... ...
8 ... ...
9 ... ...
10[250,] -27.35 7.54
11[251,] -29.14 8.80

2、tracer_names

穩(wěn)定同位素的名稱,維度為1x2的字符串?dāng)?shù)組
分別代表,鵝血樣品中要分析的兩種穩(wěn)定同位素

1> geese_data[["tracer_names"]]
2[1] "d13C" "d15N"

3、source_names

Brent Geese的食物來(lái)源名稱,維度為1X4的字符串?dāng)?shù)組
原文中對(duì)這幾種食物的描述:

  • 在這里,他們利用大量的Zostera spp.,在10月到12月間迅速消耗殆盡。留在斯特蘭福德湖的鳥類越來(lái)越多地利用Enteromorpha spp.和Ulva lactuca (Mathers & Montgomery 1997),自20世紀(jì)70年代中期以來(lái),布倫特鵝也被發(fā)現(xiàn)在內(nèi)陸的農(nóng)業(yè)土地上覓食(Merne et al .),主要是陸生草。此外,鳥類偶爾以當(dāng)?shù)剞r(nóng)業(yè)丟棄的土豆為食。

1> geese_data[["source_names"]]
2[1] "Zostera" "Grass" "U.lactuca" "Enteromorpha"

4、source_means

數(shù)據(jù)為源中同位素比率均值,維度為4X2的double型數(shù)組
4行,分別表示4中食物來(lái)源
2列,分別表示2中同位素比率

  • 從棲息地湖泊周圍的14個(gè)地點(diǎn)收集了Brent鵝的植物食物源:Zostera spp.、Enteromorpha spp.、Ulva lactuca和陸生草,保存在−20°C,用于穩(wěn)定同位素分析
  • 所有的樣品都經(jīng)過(guò)冷凍干燥,研磨成均勻的粉末,然后稱重放入錫杯進(jìn)行分析

1> geese_data[["source_means"]]
2 [,1] [,2]
3[1,] -11.17 6.49
4[2,] -30.88 4.43
5[3,] -11.17 11.19
6[4,] -14.06 9.82

5、source_sds

數(shù)據(jù)為源中同位素比率標(biāo)準(zhǔn)差,維度為4X2的double型數(shù)據(jù)
行代表4種食物來(lái)源;
列代表2種同位素類型;

1> geese_data[["source_sds"]]
2 [,1] [,2]
3[1,] 1.21 1.46
4[2,] 0.64 2.27
5[3,] 1.96 1.11
6[4,] 1.17 0.83

6、correction_means

4種食物來(lái)源,2種同位素的營(yíng)養(yǎng)分餾均值

通過(guò)上下文看,此處營(yíng)養(yǎng)分餾指同位素富集系數(shù)corrections/trophic enrichment factors (TEFs or TDFs),即 Δ A − B = δ A − δ B \Delta_{A-B}=\delta_A-\delta_B ΔA−B?=δA?−δB?,兩種物質(zhì)間是簡(jiǎn)單的相加關(guān)系。

文中關(guān)于修正的描述

在分析中,我們使用了平均δ15N和δ13N值對(duì)不同月份采集的布蘭特鵝血漿和血細(xì)胞進(jìn)行分析。
在輸入到模型之前,首先根據(jù)營(yíng)養(yǎng)分餾(δ15N為3.2,δ13C為1.45)對(duì)測(cè)量值進(jìn)行調(diào)整。分餾值來(lái)自文獻(xiàn)確定的(Bearhop等,1999;Hobson & Bairlein 2003;Evans Ogden, Hobson & Lank 2004)基于圈養(yǎng)鳥類的研究。

1> geese_data[["correction_means"]]
2 [,1] [,2]
3[1,] 1.63 3.54
4[2,] 1.63 3.54
5[3,] 1.63 3.54
6[4,] 1.63 3.54

7、correction_sds

4種食物來(lái)源,2種同位素的營(yíng)養(yǎng)分餾標(biāo)準(zhǔn)差

1> geese_data[["correction_sds"]]
2 [,1] [,2]
3[1,] 0.63 0.74
4[2,] 0.63 0.74
5[3,] 0.63 0.74
6[4,] 0.63 0.74

8、concentration_means

4種食物來(lái)源中,2種同位素的濃度依賴均值
當(dāng)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行同位素比率測(cè)定時(shí),同時(shí)也可以測(cè)定元素的濃度。

在一個(gè)典型的混合模型應(yīng)用中,食物來(lái)源和消費(fèi)者組織采用了13C和15N值,有一個(gè)隱含的假設(shè)是,每個(gè)來(lái)源對(duì)消費(fèi)者貢獻(xiàn)的C的比例與它貢獻(xiàn)的N的比例相同。但是,如果C和N濃度差異很大,以致源的C:N比例非常不同,那么這可能是一個(gè)站不住腳的假設(shè)。此時(shí),就需要考慮食物來(lái)源中元素濃度的巨大差異。

由于同位素混合模型評(píng)估的是消費(fèi)者吸收的食物來(lái)源的比例,而不僅僅是消費(fèi)者攝入的食物,因此攝入食物中的元素濃度可能不是最合適的衡量標(biāo)準(zhǔn)。相反,大分子成分(例如,蛋白質(zhì)、脂類、碳水化合物的%)、這些大分子成分的消化率以及C和N濃度將決定從每種食物源吸收的C和N的數(shù)量;Koch和Phillips(2002)展示了這些計(jì)算是如何進(jìn)行的。
在這里插入圖片描述
4種食物來(lái)源種的C和N的含量測(cè)定:

  • 測(cè)定蛋白質(zhì)含量的標(biāo)準(zhǔn)方法依賴于用凱氏定氮法測(cè)定氮含量(AOAC 1975)。這里我們使用質(zhì)譜法獲得的氮的百分比作為相對(duì)蛋白質(zhì)含量的測(cè)量。
  • 我們發(fā)現(xiàn),Mathers & Montgomery (1997) (r2 = 0.96)和Charman (1979) (r2 = 0.93)發(fā)表的碳值百分比和能量值之間存在很強(qiáng)的相關(guān)性,因此我們使用碳百分比作為能量含量的度量。

1> geese_data[["concentration_means"]]
2 [,1] [,2]
3[1,] 0.36 0.03
4[2,] 0.40 0.04
5[3,] 0.21 0.02
6[4,] 0.18 0.01

9、groups

251個(gè)字符串的列表,分別對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)集中的8個(gè)采樣時(shí)期。和原文數(shù)據(jù)有些出入,可能有些采樣數(shù)據(jù)并未使用。

  • 原文對(duì)采樣時(shí)期的描述

    • 在為期2年的研究期間,在冬季的9個(gè)月中我們?cè)谒固靥m福德湖周圍的5個(gè)地點(diǎn)和斯特蘭福德湖南部的1個(gè)地點(diǎn)(2005年1月)捕獲并標(biāo)記了406只鳥類。(表1)。
      在這里插入圖片描述
  • 列表很長(zhǎng),中間省略

1> geese_data[["groups"]]
2 [1] "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1" "Period 1"
3 [8] "Period 1" "Period 1" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
4 [15] "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
5 [22] "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2" "Period 2"
6 ... ... ...
7[232] "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"
8[239] "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"
9[246] "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8" "Period 8"

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由北京天諾基業(yè)科技有限公司甄曉杰提供相關(guān)新聞稿


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